1．玉米S组CMS胞质育性相关基因基于SSP-PCR的遗传多型性研究。李镭、郑用琏、张方东，作物学报, 2000, 11月，Vol.26(6):682-686
2．玉米S组细胞质雄性不育线粒体R区序列与多型性分析。张方东、郑用琏，遗传学报, 2000, 9月，Vol.27(9):824-833
3．玉米S组CMS线粒体基因组细菌人工染色体文库的构建。张方东、郑用琏、曹志刚，科学通报, 2000, 4月,Vol.45(7):729-734。
4．Construction of a bacterial artificial chromosome library of S-type CMS maize mitochondria. ZHANG Fangdong, ZHENG Yonglian & CAO zhigang, Chinese science Bulletin, 2000, 9月， vol.45(18):1692-1697.
5．红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体DNA的RFLP分析。李小明、郑用琏、张方东、朱英国，遗传，2000，4月，22(4)：201-204。
6．玉米CMS线粒体DNA R多型性分析及物理图谱构建。张翅、张方东、郑用琏，遗传学报，2002，3月，29（3）：273－277。
7．玉米CMS分子生物学研究进展。张祖新、张方东、郑用琏。遗传, 2002 24(5):601-606。
8．功能基因组学及其研究方法。张祖新、张方东、郑用琏，作物学报，2003，3月，29（2）：194－201。
9．玉米S型CMS线粒体DNAR区及其orf77 的表达研究。张赛群，张方东，肖海林，郑用琏, .遗传学报，March 2003, 30(3):277-282.
10. R Region of S Type of Cytoplasmic Male Sterility in Maize Mitochondrial DNA is Transcribed in Both Directions and May Be Associated with Male Sterility. ZHANGSai-Qun, ZHANG Fang-Dong, XIAO Hai-Lin, ZHENG Yong-Lian . Acta Botanica Sinica, 2004，March 46(3)：337-341
11. 玉米S型线粒体DNA中R区转录的组织特异性。张赛群，张方东，肖海林，郑用琏, 作物学报，2004，July30(7)：629-633
12. DNA芯片技术在植物功能基因组研究中的应用。生物技术, 张祖新，张方东，郑用琏， 2003.8 13(4):38－39。
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15．玉米细胞抽提物在寡核苷酸指导的基因修复中的作用。唐忠辉; 郑用琏; 张方东(通讯作者)。作物学报，2005 31(12)：1531-1536。
16. 玉米CMS-S小孢子败育过程中的细胞程序性死亡。 穆蕊 张祖新 张方东 郑用琏。作物学报 2006 32（5）：666－671。
17. 玉米O2/o2近等基因系胚乳中基因表达差异分析。陈旋 皮远江 方明镜 杨文鹏 郑用琏 张方东(通讯作者)。中国生物化学与分子生物学报 2006.10 22（10）：817－822。
18．玉米RNA helicase 基因的克隆与功能研究。 张珊珊 陶永生 郑用琏 张方东 (通讯作者)。中国生物化学与分子生物学报 2006.8 22(8):640-646。
19．The 5′ stem–loop and its role in mRNA stability in maize S cytoplasmic male-sterility，Hailin Xiao, Fangdong Zhang and Yonglian Zheng 2006 Plant Journal 47:864-872.
20．玉米成熟胚胚性愈伤组织的诱导、高频再生及转化的研究, 王世玉 张方东 刘亚 赵久然 郑用琏。作物学报 2008，34（3）：423－428(通讯作者)
21．Phosphomannose isomerase gene from Saccharomyces cerevisiae for selection in rice transformation.Tao Wang, Liangyu Liu, Xiaobo Zhang, Maidong Zhang, Yonglian Zheng, Fangdong Zhang，Journal of Integrative Agriculture 2012, 11(9):1391-1398(通讯作者)
22．利用酵母磷酸甘露糖异构酶基因作为拟南芥遗传转化的筛选标记。王涛 唐永严 刘良玉 张美冬 郑用琏 张方东。永利集团官网入口学报 2012，Vol31（5）：541-546(通讯作者) |
